依「所得稅法」第71條規定，納稅義務人應於每年五月一日起至五月三十一日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報並計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。對於營利事業而言，營所稅結算申報，大致可採下列方式申報：
一、擴大書面審核
適用：
(1)、凡全年營業收入淨額及非營業收入【不包括土地及其定著物（如房屋等）之交易增益暨依法不計入所得課稅之所得額】合計在新臺幣3,000萬元以下之營利事業
(2)、其年度結算申報，書表齊全
(3)、自行依法調整之純益率在在同業標準（依業別1%-10%間，非特定業別6%）
(4)、並於申報期限截止前繳清應納稅款者（獨資、合夥組織應辦理結算申報，但無須計算及繳納應納稅額）
公式：【所得額＝（營業收入淨額及非營業收入）×擴大書審純益率】
特點：鼓勵較小規模之營利事業按擴大書審純益率標準申報納稅，以簡化稽徵成本及程序，故被調帳查核的機會較小（約10％左右），但需自行依法調整較高之純益率。
參考資料：營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點
二、所得額標準
適用：
(1)、納稅義務人不符合擴大書面審核申報要件(即全年營業收入淨額及非營業收入【不包括土地及其定著物（如房屋等）之交易增益暨依法不計入所得課稅之所得額】合計在新臺幣3,000萬元以上之營利事業)
(2)、其年度結算申報，書表齊全
(3)、自行將營業收入之淨利率調整至財政部頒訂之所得額標準以上
(4)、並於申報期限截止前繳清應納稅款者
公式：【所得額＝營業收入淨額×同業利潤標準之所得額標準率＋非營業收入－非營業支出】
特點：申報程序簡單，除有重大異常外，國稅局不會調帳查核，但被調帳查核的機會較擴大書審率高。
參考資料：營利事業各業所得額、同業利潤標準、擴大書審純益率標準
三、同業利潤標準
適用：營利事業未能提供帳證、文據或提示資料不健全、不完整者，稽徵機關得就全部或部分所得，依據行業之同業利潤標準予以認定。其中依帳證不完全的狀況，又區分為：
(1)、毛利率標準(成本逕決)
僅無法提供營業成本時適用。
公式：【所得額＝營業收入淨額×同業利潤標準之毛利率－營業費用＋非營業收入－非營業支出】
(2)、淨利率標準
同時無法提供營業成本及營業費用時適用。
公式：【所得額＝營業收入淨額×同業利潤標準之淨利率】
但如果僅未提示營業費用相關帳簿憑證，並不能要求國稅局逕依部頒各業別「費用率」核認營業費用，只能依查得資料核實認定。
特點：無須編製相關之各項成本表單，但適用之淨利率最高，收入金額大者稅賦相當可觀。
參考資料：營利事業各業所得額、同業利潤標準、擴大書審純益率標準
四、查帳申報
係指營利事業會計帳冊簿據完備，依「所得稅法」第24條規定，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。國稅局得依「所得稅法」第80條之規定調閱帳冊並查核調整，納稅義務人亦應依「所得稅法」第83條之規定提供帳冊供國稅局查核。當納稅義務人所提供之資料有缺失或無法確實提供，國稅局即有權依所查得之資料或依同業利潤標準調整該公司之所得額，進而補稅或罰款。
公式：【所得額＝營業收入淨額－營業成本－營業費用＋非營業收入－非營業支出】
特點：可核實課說，虧損亦即不用繳稅。但須將帳證準備齊全，以供稅捐稽徵機關調查。
五、會計師簽證（稅務簽證）
即採查帳申報前，會計師先行依法查核帳外調整所得，並出具簽證申報查核報告書，一併向稽徵機關申報。。
特點：
（一）可適用較高的交際費用限額（所得稅法第37條）。
（二）可適用10年虧損扣抵（所得稅法第3９條）。
（三）次一年度虧損，可自當年度未分配盈餘減除以減輕稅負（所得稅法第66-9條）。
（四）未分配盈餘之數額，以會計師查定數為準，其後如經主管機關查核通知調整，不再另外加徵未分配盈餘稅（所得稅法第66-9條）。
（五）國稅局查稅時，藉由會計師的專業，可成為營利事業與國稅局間有效溝通管道，避免繳交不合理的稅負。
因此，採用何種申報方式，需視企業各年度的需求；但仍應盡量避免被國稅局採用同業利潤標準核課。倘若企業營業額已逾新台幣3,000萬以上，建議採用會計師簽證。不但可享有稅賦上的優惠及會計師的專業服務外，也可以減少稅務申報的繁鎖與查帳溝通的麻煩，可所謂花小錢省大錢。
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